Основните методи на медитация в чан будизма са два: седяща медитация и метитация върху гунани (коани).

седяща медитация

Методът на медитация, разработван и проповядван от Бодхидхарма, е възприет от мнозина като принципно нов, различен от познатите будистки методи. Описван е така: да седиш в медитация, вгледан в стената. Методът "медитация на стената" (бигуан) изисква да се постигне неподвижност на ума, за да се схване тъждествеността на всичко в неговата буда-природа, което означава и в не-битието на неговата феноменалност. Методът, описан в трактата на Бодхидхарма "Трактат за двата входа и четирите практики", е в основата на практикувания в Китай метод джуочан (яп. дзадзен), т. е. седяща медитация. Проработването на принципите и прийомите на медитация в чан се осъществява, като се осмислят и интегрират и даоски принципи и медитативни техники. Целта на медитацията е да се достигне "внезапно просветление" (яп. сатори): това възобновява всеки път просветлението на самия Буда.

Седящата (дзадзен) медитация, представена от японския учител Гудо Нишиджима

гунан (коан) медитация

Още от VІ в. започват да се създават първите гунани (яп. коани), енигматични фрази, въпроси и кратки анекдоти, които представляват провокации за привичното мислене в опозиции. Установява се медитация върху гунаните.

Гунан (коан) буквално означава "публичен казус"; учителят провокира мисленето на ученика подобно на магистрат по време на съдебен процес. Гунаните стават част от медитативната практика през ХІ в. При гунан-медитацията (канхуа, яп. канна) целта е да се преодолее дуализма на мисленето, съзнанието да достигне до пределно и спонтанно саморазкриване на чистотата си, на недвойствеността си. Ако нещо се утвърждава, следва да отричаш, и обратно - да утвърждаваш, когато нещо се отрича. Гунанът довежда съзнанието на ученика до пределно съмнение, така че "сам да стане съмнение", а това води до просветление. Класически примери на гунани са: "Какво е Буда?", "Има ли кучето буда-природа?" (гунанът принадлежи на Да Хуай; отговорът "му", т. е. "не" предизвиква според Да Хуай най-радикалното съмнение, но адептът следва да не се отказва да медитира върху този гунан).