Тантристката медитация има външен, екзотеричен, и вътрешен, езотеричен пласт. Екзотеричната медитация, основана на традиционните сутри, се разглежда като подготовка за езотеричната. Обичайната в махаяна медитация върху различни тематични полета има устойчиво присъствие и във ваджраяна.

В медитативната практика се съчетават неподвижен и визуализиращ компонент, но визуализацията е особено подчертана. Медитиращият преминава през фази на ставане, за да достигне финалната, завършваща фаза на съвършенството в медитацията.Всекидневните медитативни ритуали обикновено започват с кратки благодарения (за трите съкровища – Буда, Дхарма и Сангха). Следва медитация върху пустотата и състраданието. Размишлението върху тези тематизирани в сутрите "полета" е последвано от свръхдискурсивно, интуитивно равнище на медитация, при което целта е да се постигне недвойственост на мисленето. В качеството на презентиращи обекти на съзерцание на пустотата се избират различни символи, напр. пуст съд, ехо, отражение на луната върху водна повърхност и др. Смисълът на медитацията върху състраданието е адептът да разкрие у себе си своя изначална обърнатост към другите същества, или тъждествеността си с всички страдащи същества.

Следва специфична фаза на ритуално очищение чрез визуализация на буда Ваджрасатва. След това се извършват приношения на мандали. Мандалите се правят от зърна и стръкове (обикновено от ориз) във формата на дискове и са специален обект на съзерцание, обръщащ интуитивния поглед на адепта към буда-природата.

Следва съзерцание на религиозния наставник (гуру), в което той се визуализира като трансцендентален буда. В съзерцанието на мандала обикновено се избира като идам един буда или бодхисатва и съзерцанието е съсредоточено в него. Произнасят се мантри и се призовава името на идама, целта е адептът да постигне недвойственост, да се отъждестви с природата на съзерцавания идам. На това равнище особено значение има съзерцанието на буда Ваджрадхара.

Финалната фаза на медитацията предполага будистът да се стане тъждествен с буда-природата и да съзре в нова светлина всичко различно от тази природа. В тантристката медитация, която се съсредоточава в съзерцанието на мандала, се допуска адептът да се стреми да изпита усещания, характерни за пределни състояния като напр. оргазъм и смърт.

Цялостната нагласа в тази медитация е основана в разбиране за енергийна обърнатост на трансценденталната сфера, представена чрез дхян-буди и бодхисатви, към другото, т. е. към човека, който, от своя страна, довежда до пределна концентрация своята духовна енергия. Целта е енергийно сплитане на трансценденталната и феноменалната сфера. Остават като необходими условия на успешната медитативна практика и прийомите за овладяване на тялото, на дишането и др., т. е. познатите в будистката традиция йогистки прийоми. Тантризмът става основната характеристика на будизма ваджраяна и тълкуваната в различни аспекти непрекъснатост обозначава езотеричната природа на тази форма на будизъм. По принцип тантристкият култ във ваджраяна е достъпен за посветени и това го съхранява в автентичния му вид.