Разклонение на калвинизма, което в по-висока степен залага на самостоятелността и демократизирането на местните църкви. Възниква в Англия през втората половина на ХVI век в условията на конфликти с презвитерианската църква. По-известни стават по това време под названието индепенденти, т. е. независими, и са идейни наследници на пуританизма, определяни са като негово „ляво крило“ или радикални пуритани. В рамките на презвитерианската църква конгрегация или обединение на вярващите, на църковни служители и миряни, е всяка локална църква (енорийска църква). Приема се, че Христос присъства при всяко събиране на вярващи. Конгрегационалистите отстояват еманципиране на локалните църкви и тяхна автономност в решенията за организацията на църковния живот и характера на богослужението; така отхвърлят юрисдикцията на презвитериите и на генералните асамблеи. По същество отричат необходимостта и от национални църкви.

В политическия живот на Англия индепендентите присъстват като изразители на интереси на джентри, т. е. средно слоеве на търговци и предприемачи, както и маргинални дворянски прослойки. Обявяват се против абсолютистката власт, за републикански тип държавно устройство.

Конгрегационализмът не се свързва с името на определен основател, но има свои идейни вдъхновители и лидиращи фигури – Робърт Браун, Харисън, Робинсън. Тъй като англиканската църква има стабилни позиции, индепендентите са преследвани и много от тях се заселват в Холандия. Те основават тук, в Лайден, през 1616 год. първата конгрегационалистка църква.

Църквата "Св. Петър" в Лайден (място на конгрегационалистка проповед на Джон Робинсън)

Конгрегационалистка църква в Плимут

През 1616 год. религиозният живот е съсредоточен в поместните църкви. Пасторите на тези църкви се избират чрез вота на общината, като в избора участвуват и миряни и имат мандатност. Богослужението е до предел опростено и модифицирано с оглед на спецификите на общините, възможно е те да имат и собствени вероизповедни принципи. Общини на конгрегационалисти приемат през 1658 год. Савойско изповедание, но то няма общозадължително значение.

В конгрегационалистка църква в Плимут (детският църковен хор изпълнява "Имейджин")

Кръщение в конгрегационалистка църква в Сиатъл, Вашингтон, САЩ